後白河法皇の死後は自ら親政及び院政を行ったが、治天の君として土御門天皇を退かせて寵愛する順徳天皇を立てその子孫に皇位継承させた事には貴族社会からは勿論、他の親王達からの不満を買った。また三種の神器を欠いた即位の経緯も不評を買った。専制的な暴政や無謀な討幕計画に対しては院の側近以外の貴族達は冷ややかな対応に終始した。このため、承久の乱後においては、幕府の政治的影響力の拡大を差し引いても後鳥羽院に同情的な意見は少なく、『愚管抄』・『六代勝事記』・『神皇正統記』などは、いずれも院が覇道的な政策を追求した結果が招いた自業自得の最期であったと手厳しいものがあった。
徹子の部屋
天の川
天下無敵の悠馬君
天使のしっぽ
天体望遠鏡
電車男
冬の星座
冬を待つ季節
東京ドームに夢
桃と花子
桃子の一押しニュース
透明人間
奈々の氷山の一角
二十面相
虹色のジュータン
日本一の息子
日本人の知恵
猫の足
馬飛び
白い秋桜
一方、寛元2年（1244年）には後鳥羽上皇の追善八講が公家沙汰（朝廷主催の行事）に格上され、宝治2年（1248年）には後嵯峨上皇が後鳥羽上皇が定制化したものの承久の乱で中絶した院御所最勝講を先例として復活させた。これは、土御門天皇系の後嵯峨天皇（上皇）が皇位継承を巡って緊張関係にあった順徳天皇系の忠成王（仲恭天皇の弟）に対抗するために土御門系が後鳥羽天皇の正統な後継者であることを主張する必要があり、その前提として後鳥羽上皇の名誉回復を進める必要があったためである。これは、忠成王支持派を抑えて後嵯峨天皇即位を強行した鎌倉幕府の暗黙の了承の上での行為であった。
これに対して、鎌倉幕府滅亡後には歌人としての後鳥羽院を再評価しようとする動きも高まった。